Struktura organizacyjna ŽSD S.A. jest dwustopniowa. Pierwszy stopień reprezentuje zarząd spółki jako organ zarządzający, drugi stopień tworzy dywizja jako organ wykonawczy.

Do kompetencji zarządu spółki należy ustanawianie głównych celów strategicznych, występowanie z ramienia firmy podczas negocjacji oraz zarządzanie firmy pod względem handlowym, technicznym, inwestycyjnym, finansowym oraz ekonomicznym. Zarząd spółki koordynuje przy tym program produkcyjny oraz zintegrowany system zapewniający zarządzanie jakością, stosunku do środowiska naturalnego oraz zarządzanie bezpieczeństwem pracy i ochroną zdrowia przy pracy.

W kompetencji dywizji należy zapewnienie realizacji zamówień oraz wypełnianie planu finansowego. Dywizje są podzielone wg specjalizacji (dywizja Gospodarki Odpadowej, Budownictwa Lądowego, Engineering, Wyburzeń i Rozbiórki) oraz regionów (dywizja Olomouc). Są to samodzielne jednostki organizacyjne, które mają swój własny program produkcyjny oraz samodzielny budżet, za którego spełnienie niosą pełną odpowiedzialność dyrektorzy dywizji. Stosunek między dywizjami polega na wzajemnej współpracy ze świadomością przynależności do tej samej spółki.

Zarząd spółki: